En 1512 fundaba en Montilla el primer marqués de Priego, don Pedro Fernández de Córdoba, un convento de franciscanos, al igual que que hizo en otras villas de su estado. El establecimiento se edificó en las inmediaciones del palacio de dicha familia. A partir de 1525 pasó a convertirse en el convento de Santa Clara de la rama femenina de la orden, creado por María Jesús de Luna, hija de dicho marqués, tras concederle el oportuno permiso su hermana Catalina Fernández de Córdoba, como heredera del mayorazgo.
En esas fechas se formó su iglesia, una hermosa muestra del gótico-mudéjar cordobés, que se ha atribuido a Hernán Ruiz I. Tiene nave y cabecera cuadrada con magníficos artesonados mudéjares, que en el presbiterio ofrece una disposición ochavada, salvándose las esquinas con especie de veneras rizadas.
Igualmente magnífica es la portada gótico-renacentista, con evidentes relaciones con la obra del primero de los Hernán Ruiz. Entre pináculos, se abre en arco trilobulado con cardina gótica y una compleja tracería de arquillos cruzados, cuya exuberancia ha hecho pensar en el gótico manuelino. La parte de remate se ajusta mejor a un temprano plateresco, como se ve en el nicho de Santa Clara y en sus pilastrillas.
Este convento está declarado Monumento Histórico Nacional y en su interior alberga importantes obras de arte.
